Музей расположен в исторической части города вместе с территорией бывшего сада особняк представляет образец русской усадьбы начала ХХ века. До революции усадьба принадлежала купцу-лесопромышленнику М.А. Лаптеву (1845–1919), особняк построен в 1913 году в стиле «модерн» по проекту известного самарского архитектора, выпускника Санкт-Петербургской Академии художеств А.А. Щербачёва (1858–1912).

Экспозиция классического искусства размещается в особняке, выставки – в новом здании музея, построенном в 2014 году.

Начало собрания и основание музея связаны с даром М.В. Нестерова 1913 года. Желая «содействовать художественному образованию своих земляков», художник подарил родному городу коллекцию русской живописи и графики второй половины ХIХ – начала ХХ века:102 произведения, среди которых – полотна и графические листы И.Е. Репина, И.И. Шишкина, Н.А. Ярошенко, В.Д. Поленова, В.Е. Маковского, И.И. Левитана, К.А. Коровина, А.Я. Головина, А.Н. Бенуа, Н.К. Рериха и других выдающихся мастеров.

Уникальна в собрании музея и коллекция живописи «отца российского футуризма» Давида Давидовича Бурлюка (1882–1967): 37 произведений (портреты, пейзажи, натюрморты, кубофутуристические композиции), датированные 1915–1918 годами – временем пребывания художника в Башкирии. По количественному составу и качественному уровню это самая крупная в России музейная коллекция произведений Бурлюка.

В собрании музея также – другие крупнейшие коллекций.

Коллекция древнерусского искусства включает в себя уникальные памятники Московской и Новгородской иконописных школ конца ХV–ХVII веков, так называемых северных писем ХVI века, палехского письма конца ХVIII века, церковной меднолитой пластики ХII–ХIХ веков и церковного серебра ХVIII–ХIХ веков.

Коллекция русского искусства ХVIII – начала ХХ века состоит из ряда коллекций, каждая из которых имеет как самостоятельную ценность, так и является органическим культурно-историческим звеном в контексте целого хронологического периода. Так, коллекция русской живописи ХVIII века представлена парадны портретом в основном неизвестных художников круга Д.Г. Левицкого, В.Л. Боровиковского и И.-Б. Лампи, коллекция русского искусства первой половины – середины ХIХ века – пейзажами П.В.Басина, С.Ф. Щедрина, Л.Ф. Лагорио, П.П. Джогина, И.К. Айвазовского, портретами О.А. Кипренского, В.А. Тропинина, рисунками К.П. Брюллова, акварелями А.О. Орловского, произведениями скульптуры и фарфора.

В основе коллекции русского искусства второй половины ХIХ века – дар М.В. Нестерова и поступления 1920-х – 1930-х годов: произведения Н.Н. Ге, В.Г. Перова, Г.М. Хруслова, А.К.Саврасова, И.П. Стефановского, А.И. Куинджи, И.Е. Репина, В.И. Сурикова, В.Е. Маковского, В.В. Верещагина, Ф.А. Рубо, С.В. Иванова, С.А. Виноградова, П.П. Похитонова, И.С. Остроухова, Н.А. Касаткина и других. Коллекция русского искусства конца ХIХ – начала ХХ века включает произведения членов и экспонентов выставок художественных объединений «Мир искусства», «Союз русских художников», «Бубновый валет», «Голубая роза»: живопись и графика А.Н. Бенуа, Л.О. Пастернака, М.В. Добужинского, Н.К. Рериха, И.Э. Грабаря, В.А. Серова, К.А Коровина, М.А. Врубеля, А.Я. Головина, Н.И. Фешина, П.П. Кончаловского, Н.С. Гончаровой, М.Ф. Ларионова, П.В. Кузнецова и других, а также живопись Д.Д. Бурлюка, произведения скульптуры и декоративно-прикладного искусства.

В коллекции западноевропейского искусства ХVI–ХIХ веков – живопись Ф. Ваувермана, Дж.-П. Паннини, Д. Каналетто, Н. Пуссена, Ф. Жерара, Ж. Верне, Н. Ланкре, Л. Бакхейзена, А. Сторка, А. Бегейна и других, собрание гравюры ХV–ХIХ веков, представляющее известные школы гравюры в Великобритании, Германии, Голландии, Италии, Франции, произведения скульптуры ХVIII–ХIХ веков датских, итальянских и французских художников и фарфор (саксонский, севрский, мейсенский, веджвудский).

В коллекции изобразительного и декоративно-прикладного искусства Башкортостана – уникальные образцы ткачества, вышивки, резьбы по дереву, ювелирного искусства и костюма башкир ХVIII – начала ХХ века, живопись, графика, скульптура, керамика, текстиль ХХ – начала ХХI века.

Основными источниками формирования коллекции советского искусства стали с 1950-х годов поступления от Министерства культуры СССР, Министерства культуры РСФСР и Художественного фонда РСФСР, с 1980-х – с выставок – всероссийских, международных и т.д.

Башкирский государственный художественный музей им. М.В. Нестерова – универсальный культурологический объект, осуществляющий различные формы деятельности, главные из которых – хранение и реставрация экспонатов, их научное иiсследование и пропаганда, организация и экспонирование выставок и экспозиций, пропаганда и популяризации коллекций и творческого наследия художников в форме экскурсий, лекций, творческих встреч, конференций, семинаров, круглых столов, художественно-музыкальных и поэтических вечеров и различных публикаций (каталоги, альбомы-каталоги, буклеты, статьи). Одно из приоритетных направлений деятельности музея – научная пропаганда классического и современного искусства в городах и районах Башкортостана. С этой целью создан выставочный зал «Ижад» в Уфе и сеть филиалов: Мемориальный дом-музей А.Э. Тюлькина в Уфе, Воскресенская картинная галерея в селе Воскресенском Мелеузовского района, картинная галерея «Мирас» в Нефтекамске и картинная галерея в Стерлитамаке.

Одной из важных разделов художественного музея им. М.В. Нестерова является реставрационная мастерская. За годы работы коллективом реставраторов были возрождены к жизни уникальные произведения древнерусской, русской и западноевропейской живописи. Каждое полотно, попадая в руки реставратора, проходит тщательное исследование: визуальное изучение при помощи бинокулярного микроскопа, в свете видимой люминесценции. При необходимости проводятся химический анализ грунта, красочного и покровного слоев, и т. д.

На сегодняшний день в мастерских отдела реставрации и консервации работают: